培养适应我国社会主义现代化建设和本地区药学相关事业发展需要的，德、智、体、美全面发展的药学专门人才，掌握药品生产、药品质量分析检验、药品使用、医药企业经营管理等方面的基本理论知识和专业技能，具有良好的职业道德、人文素养、实践能力和创新精神。 药学系在院内拥有配套的实验/实训基地，建设了无机化学、有机化学、分析化学、药物分析、药物化学、天然药物化学、药理学、药剂学、精密仪器室、模拟药房等实验/实训室；专业课实验用仪器设备总价值1000多万元，学院还将继续增加投资，建设院内实践教学基地，不断提高职业技术教育的办学能力。在院外有联系紧密、运行良好的医院、药企等实训基地，目前已与宿州市立医院、中煤矿建总医院、皖北煤电集团总医院、华康医药公司、亿帆药业、新宇药业、江苏益丰药业、苏州雷允上等二十多家单位签订了“实习基地共建协议书”和“校企合作协议书”